Etiket arşivi: genom dizisi

Virüsün varyantları ve bize anlattıkları

Virüsün varyantları ve bize anlattıkları

author

ÇAĞHAN KIZIL
BİRGÜN, 2021.02.14

(AS: Bizim katkımız yazının altındadır..)
Pandemide tünelin ucunda bir ışık var ancak bu ışığa ulaşmak için halen kat etmemiz gereken uzun bir yol da var. Rehavete kapılmadan ve bilimsel gerçekleri önümüze koyarak sürece devam etmemiz gerek.

2020 yılının başından itibaren pandemi ile mücadele ve yeni yaşam pratiklerimiz devam ediyor. Son bir senedir günlük ortalama vaka sayıları ve ölümler sürekli arttı. Toplumlar ve yönetimler olarak bu artışı nasıl durdurabiliriz ve nasıl en etkili müdahaleyi, demokratik sınırlar çerçevesinde ve insanların sağlığını önceleyerek uygulayabiliriz soruları dillendirildi. Bu uygulamaların bazıları başarılı bazılarıysa başarısız oldu. Salgın ve yayılım devam ettikçe, virüsün değişmesi ve mutasyonları da hızlandı.

Doğal bir evrim olan bu süreci neredeyse gerçek zamanlı olarak izleme şansına sahip olduk.

Dünyanın değişik bölgelerinde virüsün genom dizisi analiz yöntemleri kullanılarak oluşturulan verileri, bize tarihte belki de hiç olmadığı kadar
derinlikli bir evrimsel çalışmayı gerçekleştirme şansı sağladı.

Ancak burada önemli olan virüsteki mutasyonların bulunabilmesi için şeffaf veri paylaşımı idi. Özellikle İngiltere’de yapılan analizler ve kapsamlı bir taraması ve dizin analizi, dünyanın 2020 sonlarına doğru gözlerini virüslerdeki varyantlara çevirmesini sağladı. Varyantları, 2020 yılının başında Çin’den izole edilen ilk virüs tiplerindeki genetik dizin ile farklılık gösteren virüs formları olarak nitelendirebiliriz. Virüsün ne kadar fazla insana yayılırsa ve antikor bağışıklık tepkisi ile karşılaşırsa, doğal olarak kendini değiştirme üzerinden bir evrimsel seçilime tabi olacağını önceden de söylemiştik. Bugün, varyantların hastalığın yayılması, şiddeti, aşıların etkinliği, ve uzun vadede pandeminin devamına dair sorular nedeniyle bilim insanlarının ve toplumların gündeminde.

Mutasyonlar ve kaygılar

2020 yılı içinde, virüsün üzerindeki bazı mutasyonların dünya üzerindeki virüs örneklerinin neredeyse tamamında gördüğüne şahit olmuştuk. Bu evrensel süreç, virüsün başka bölgelerindeki değişimlerle devam etti. İlk olarak Aralık ayı içinde Birleşik Krallık‘ta bulunan bir varyant B.1.1.7 olarak adlandırıldı. İngiltere’de yapılan ilk açıklamalarda, bu Varyant 1 tipinin öncekine oranla daha hızlı yayılabildiği, hastalığın ilerlemesine neden olabileceği ve aşıların etkisini düşürebileceği belirtilmişti. Bu açıklamaların temelinde, bu varyantta görülen 17 değişikliğin yattığını biliyoruz. Virüsün insan hücrelerine bağlanmak için kullandığı S proteinindeki bazı mutasyonlar, virüsün insan hücrelerine daha sıkı bağlanabilmesini beraberinde getirebilir endişesi daha önce yapılan bilimsel çalışmalardan elde edilen bir öngörü olarak yaşamımıza girdi. Dünya üzerinde 70’ten fazla ülkede görülen bu varyantın, yayılımı artırdığı ve belli yaş gruplarında ölümlere de etki edebileceği düşünülüyor.

Fakat benzer zamanlarda yine 2020 Aralık ayı içinde Güney Afrika varyantı da yaşamımıza girmişti. Bu varyanta referans dizine oranla 21 mutasyon ve değişim var. Bu mutasyonlardan iki tanesi E484K ve K417N, virüsün insan hücresine bağlanmak için kullandığı S proteininde. Afrika varyantının farklı olarak önemli E484K mutasyonu. Çünkü bu mutasyonun virüse hastalığı geçiren kişilerde oluşan antikorlardan kaçabilme ve antikorların etkisini azaltabilme özelliği kazandırdığı düşünülüyor. İngiltere varyantında bulunan N501Y mutasyonuyla da birleşince bu virüs varyantı hem daha fazla yayılma hem de bağışıklık etkisinden kaçma şansına sahip olabileceği için kaygı uyandırmış durumda. Kaygımızın nedenlerinden bir tanesi de aşıların etkisinin varyantlar nedeniyle azalacağı. Bu kaygı yersiz değil. Çünkü bazı aşılarda yapılan çalışmalarda aşı etkinliği, Güney Afrika’daki varyanta sahip kişiler ile olmayanlar arasında fark gösteriyor. Henüz hakemlerden geçmemiş bir makalede, Oxford aşısının varyanta karşı etkisinin oldukça düştüğü bildirildi.
(https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.02.10.21251247v1)

Yani buradan çıkarmamız gereken şu:

  • Aşıların etkinliği tamamen ortadan kalkmasa bile varyantların etkisi ile düşüyor.

Eğer ileride varyantların etkisi daha belirgin hale gelirse, aşıları değiştirilmesi yönünde de altyapı hazırlanıyor. Burada belirtmekte fayda var ki;

  • birçok aşının hastalığı ağır geçiren hastaneye yatmak zorunda kalan hastalarda ve ölüm sayılarında bir azalışa yol açtığını biliyoruz.

Aşılama, yüksek düzeyde antikor tepkisi ve hücresel bağışıklığı sağlayabildiği oranda, ölümleri ve ağır hastalanmaları azaltacak. Ancak aşıların, virüsün yayılımını nasıl etkileyeceği konusu halen kesinlik kazanmış değil. Bazı aşı çalışmalarında, aşının etkisinin yayılımı da belli oranda azalttığı bilgisi paylaşıldı ancak tüm aşıları için şu anda bu genellemeyi yapamıyoruz.

  • Aşılama, ağır hastalığı azaltacak bir metot ancak pandemiyi kendi başına hemen bitirebilecek bir sihirli değnek olmayabilir.

Bunu, yüksek düzeyde aşılama yapan bazı ülkelerin vaka ve ölüm sayılarındaki düşüşe haftalar sonra ancak ulaşabilmelerini örnek gösterebiliriz. Bir aşı, uygulandıktan sonra belli bir süre içinde kandaki antikor seviyesini yükseltir. Bu antikorların hepsi virüsü durdurabilecek antikorlar değildir. Bu nedenle, nötralize edebilen antikor miktarını en yüksek seviyeye çıkarmak virüsün yayılımını da önlemek açısından önemlidir. Ancak her aşı nötralize eden antikor miktarını eşit seviyede yükseltmiyor. SARS-Cov-2 için nötralize (AS: eden) antikorlar çoğunlukla S proteini bölgesine oluşturuluyor. Bu nedenle mRNA aşılarının diğer aşılara oranla daha fazla nötralize (AS: eden) antikor ürettiğini yapılan çalışmalarda görebiliyoruz. Ancak bir aşının etkililiği, sadece nötralize (AS: eden) antikorlar oluşturmasıyla değil, uzun vadeli bağışıklık hafızasını ve hücresel bağışıklık oluşturmasıyla da ölçülür. Bu nedenle klinik çalışmalarda, bu 2. bağışıklık tipinin de ölçülmesi ve ortaya konması gerekiyor. Örneğin, mRNA aşıları, 1. dozdan sonra çok yüksek antikor seviyeleri yaratmasa da T hücresi yani hücresel bağışıklığı tetikliyor. Bu nedenle 2. doz aşılama yüksek düzeyde antikor yaratmaya sebep oluyor. İki doz aşılama yapılmış kişilerle karşılaştırıldığında, hastalığı geçirmiş ve tek doz aşılama yapılan kişilerde (AS: kişilere göre) daha yüksek antikor seviyesine ulaşılıyor. Bu ve bunun gibi çalışmalar bize şunu anlatıyor:

  • Varyantların etkisi göz önüne alındığında yüksek ve yaygın şekilde acilen ivedilikle aşılama gerçekleştirilmeli.

Kapanmalar ve aşılama

  • Aşılama, toplumsal kapanma tedbirleri ile birleştirildiğinde son birkaç haftada vaka sayılarında gözle görülür bir düşüşe tanık oluyoruz.

Son bir aydır dünyada ortalama günlük vaka sayıları düşüşte. Bu oldukça pozitif bir gelişme. Günlük ölüm sayıları ise yaklaşık son iki haftada azalma göstermekte. Ancak Avrupa Birliği ve bazı diğer ülkelerde, kapanma süresi uzatıldı ve bunun sebebi olarak da varyantın hızlı yayılma kapasitesi ve erken açılmayla yeniden vaka sayısındaki yükseliş riskini göze almama nedeni göze çarpıyor. Yapılması gereken;

– tüm dünyada pandemi bitmeden pandemi bitmiş gibi düşünmemek,
– aşılamanın yaygın şekilde yapılamadığı Türkiye gibi ülkelerde gevşemeye gitmemek,
– aşı konusunda en etkili ve çeşitli aşıların kullanıldığı aşılama programlarının yürütülmesi ve
– verilerin şeffaflığının sağlanması.

Türkiye’de, Sağlık Bakanı geçen hafta yaptığı açıklamada 3758 örnekte yapılan analizlerde 106 kökeni bilinmeyen virüs tipi, 263 İngiltere varyantı, 23 Güney Afrika varyantı olduğunu söyledi. Bu, Türkiye’deki enfeksiyonların %10’a yakınının varyantlarca gerçekleştiğini gösteriyor. Varyantların girdikleri ülkelerde yayılımı artırmaları birkaç hafta alıyor. Bu nedenle Türkiye’deki bu varyant tablosu vaka sayılarını artırma riskini barındırıyor. Bu nedenle verilerin açıkça paylaşılması, kökeni bilinmeyen varyantların ne olduğunun bilim insanlarınca değerlendirilmesi, toplumsal önlemlerin gerektiği şekilde alınması, değişik aşı tiplerinden yeterli miktarda uygulanması gerekmektedir. Sağlık Bakanlığı’nın, “geleneksel inaktif aşıları diğer aşılara oranla daha güvenli ve etkili olduğu için tercih ettik” demesi bu alanda bilimsel herhangi bir veri ve uygulama ile desteklenmeyen yanlış bir söylem.

Pandemide tünelin ucunda bir ışık var!

Ancak bu ışığa ulaşmak için halen kat etmemiz gereken uzun bir yol da var. Rehavete kapılmadan ve bilimsel gerçekleri önümüze koyarak sürece devam etmemiz gerek. Bunca süredir yaşadığımız yüz binlerce ölüm ve on milyonlarca vaka, toplumsal zorluklar ve psikolojik etkiler düşünüldüğünde, pandemide varyantların herhangi bir şekilde salgını alevlendirmesi riskini göze alamayacağımız net. Bu nedenle Türkiye en kısa zamanda varyant taramalarını artırmalı, bu bilgileri uluslararası veritabanları ile paylaşmalı, toplumsal tedbirleri olması gerektiği gibi almalı.
=================================
Dostlar,

Almanya’da çalışan Temel Sinirbilimci ve Genetikçi Sayın Doç. Dr. Kızıl, salgının başlarından bu yana BİRGÜN Gazetesinde, önemli değerlendirmeler yayınladı, kendisine teşekkür ederiz. 14 Şubat 2021 tarihli bu makalede dile getirilenleri, çok büyük ölçüde, biz 13 Şubat 2021 gecesi 21:00 – 22:30 arasında düzenlenen bir zoom oturumunda dile getirdik (Salgın Döneminde Aşı, Mutasyon ve Okulların Açılması)

Türkiye’nin düzeltmesi zorunlu sorun başlıkları şöyle          :

1. Aşı kıt ve uygulama çok yavaş, hatta yer yer tıkandı hatalı uygulamalarla.
2. Uygulanan aşının etkililiği %50 dolayında, çok yetersiz, kritik sınırda.
3. Varyant tipler ülkemizde hızla yayılmakta; izleme ve önlemler yetersiz.
4. Türkiye hiç TAM KAPANMA uygulamadı şimdiye dek; oysa halen kaçınılmaz!
5. Salgını ÖZERK BİLİM KURUMLARI değil, Siyaset / AKP = RTE = Şahsım devleti / Tek adam ucube rejimi sözde yönetiyor; araba atın önünde!
6. İktidar, salgın yönetiminde başta hasta = olgu = vaka (case) ve ölüm sayıları olmak üzere hiçbir zaman tam saydam (dürüst!) olmadı ve güven yitirdi.
7. Sosyal devlet desteği ve salgın finansmanı için yeterli kaynak ayrıl(a)mıyor; Erdoğan Türkiye’yi batık (müflis) / kendisinin batırdığı bir A.Ş. CEO’su gibi yönetmeyi kör bir inat ve ısrarla dayatmakta.
8. Sağlık altyapısı özellikle 1. Basamakta çok zayıf ve yetersiz; sağlık insangücü nicel (sayısal) olarak epey eksik; atama bekleyen 400 bini aşkın sağlık emekçisi atanmıyor.
9. Yaraşırlık (Liyakat) sorunu sürüyor; AKP = RTE nepotizm kanserinden kurtulamıyor bir türlü.
10. Her gün en az 100 (yüz!) dolayında (karartma sürdürülüyor!) masum insanımız, çok büyük ölçüde önlenebilecek iken, salgına kurban veriliyor; DUYARSIZLAŞTIRMA / YABANCILAŞTIRMA bilinçli politika olarak sürdürülüyor. Toplumsal yaşam ekonomik, eğitsel, kültürel, bilimsel… alanlarda tıkanma eşiğinde ama iktidar çok acı gerçekleri tersyüz ederek salgında bile bir politik başarı masalı yaratma histerisine kapılmış durumda; çoook hazin çok!
……………
—————-
AKP iktidarının bu 10 alanda toplanan yanlışları sürdürmeyip, köktenci politika değişikliklerine gitmesi kaçınılmaz görünüyor..

Sevgi ve saygı ile. 15 Şubat 2021, Ankara

Prof. Dr. Ahmet SALTIK MD, MSc, BSc
Ankara Üniv. Tıp Fak. Halk Sağlığı Anabilim Dalı (E)
Sağlık Hukuku Uzmanı, Siyaset Bilimi – Kamu Yönetimi (Mülkiye)
www.ahmetsaltik.net         profsaltik@gmail.com
facebook.com/profsaltik     twitter  @profsaltik